La mission principale de l’AEBECI est une recommandation de JESUS, le MESSIE de Dieu. En Matthieu 28 Verset 19 « allez, faites de toutes les nations des disciples, baptisez-les au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit… ». C’est à juste titre donc que l’AEBECI est composée d’églises baptistes évangéliques.
L’article 8 du statut de l’AEBECI présente clairement la mission de l’église. Le but ultime de l’AEBECI est de maintenir l’unité de l’Eglise conformément à l’ordre du Seigneur <<…que tous soient un…>> Jean 17: 21
Puis l’article 9 ajoute qu’à cet effet, L’AEBECI a pour missions de :
Consolider l’unité entre les églises membres,
Annoncer l’Evangile,
Encourager, affermir et édifier les groupes de croyants en vue de la formation d’églises,
Construire des édifices religieux,
Contribuer à la construction des édifices religieux des églises membres,
Former des dirigeants, des pasteurs, des évangélistes,
Publier et distribuer la littérature chrétienne,
Réaliser des œuvres sociales,
Veiller au bon fonctionnement spirituel, administratif et matériel des églises membres,
Représenter les intérêts des églises membres auprès des différentes autorités,
S’imposer le devoir de garant moral de la société,
Intervenir, en cas de besoin, dans les églises locales, pour ramener l’ordre.